Прежде всего необходимо создать пользователя, под которым будет запускаться Tomcat.

useradd -d /opt/tomcat -m -s /sbin/nologin -c "Apache Tomcat" tomcat
chown -R /opt/tomcat

Для запуска Tomcat при загрузке системы необходимо создать скрипт /etc/init.d/tomcatd:

#! /bin/bash
#
# Author: Igor Nikolaev, 2009
#
# /etc/init.d/tomcatd
#
### BEGIN INIT INFO
# Provides:          tomcatd
# Required-Start:
# Should-Start:
# Required-Stop:
# Should-Stop:
# Default-Start      3 5
# Default-Stop:      0 1 2 6
# Short-Description: Apache Tomcat 6.0.18
# Description:       Apache Tomcat 6.0.18
### END INIT INFO

# source functions library for 'daemon' function
. /etc/init.d/functions

TOMCAT_USER=tomcat
EXIT_CODE=0

case "$1" in
    start)
        echo -n "Starting Apache Tomcat 6.0.18";
        daemon --user $TOMCAT_USER  "/opt/tomcat/bin/catalina.sh start &"
        RETURN_CODE=$?
        ;;
    stop)
        echo -n "Stopping Apache Tomcat 6.0.18";
        daemon --user $TOMCAT_USER  "/opt/tomcat/bin/catalina.sh stop &"
        EXIT_CODE=$?
        ;;
    *)
        echo "Usage: $0 {start|stop}"
        EXIT_CODE=1
esac

exit $EXIT_CODE

Обратите внимание, что Tomcat запускается от имени созданного нами пользователя при помощи функции daemon.

На самом деле можно обойтись и без нее, ведь все, что она делает – это вызывает runuser с параметром -s /bin/bash и немного оформляет вывод сообщений при помощи nice.